«Преподавание естественных наук должно преследовать свои собственные цели, а именно способствовать развитию научного миросозерцания. Для достижения этой цели ученикам необходимо сообщить известный запас фактов в строго научном освещении, ознакомить учеников с методами научного исследования и развить навыки к производству последних». Так записано в резолюции съезда по коммерческому образованию, состоявшемуся в 1903 году. Так и велось преподавание в лучших коммерческих училищах, среди которых московское по праву считалось одним из первых.

Училище отличалось сильным составом преподавателей, среди которых были профессора университетов и вузов. Здесь, благодаря пожертвованиям разных купеческих обществ и частных лиц, были хорошо оборудованы кабинеты, имелись богатые коллекции минералов, растений, даже произведений искусства; на занятиях по некоторым предметам, например физиологии растений, демонстрировались такие сложные опыты, с которыми знакомили лишь студентов университета.

Учителя Н. И. Вавилова стремились до минимума сократить обязательные занятия, чтобы воспитанники могли беспрепятственно развивать свои индивидуальные склонности.

«Дать простор для самостоятельной деятельности воспитанника и всеми силами идти рука об руку с воспитанниками в этой работе» — вот к чему стремились в училище. Так говорил профессор А. Н. Реформатский — один из ведущих преподавателей. Он видел задачу школьного обучения в том, чтобы «дать обществу личность, творческое „я“». Его ученики писали на избранные темы рефераты. Под его руководством проводились физико-химические вечера, и воспитанники выступали на них с самостоятельными докладами.

Многие видные ученые помогали проведению вечеров, представляли в распоряжение учеников диапозитивы, фотографии, приборы.